După ce compania Aton Transilvania şi firmele la care aceasta este acţionar, Agrocereal Carani, Arendt Trans Carani și Cer-Oil Carani, au intrat în vizorul Departamentului pentru Luptă Antifraudă (D.L.A.F.), sub acuzația că au deturnat bani europeni şi că au folosit milioane de euro pentru alte scopuri decât cele declarate, a venit și rândul Direcției Generale a Finanțelor Publice Timiș să se intereseze intens de fraudele companiei.
După preluarea în administrare a marilor contribuabili din Timiș, ANAF Timiș a început să controleze aceste companii. La controlul efectuat la Aton Transilvania din Carani, s-au constatat datorii importante la bugetul de stat. Prin urmare, ANAF a început procedura de recuperare a acestor datorii, punând sechestru asigurator pe bunurile firmei. Instituirea sechestrului nu a fost simplă. Chiar dacă Aton Transilvania este o companie mare, majoritatea bunurilor imobile și mobile ale acesteia sunt fie gajate la bănci, fie sunt puse sub sechestru în nenumăratele procese pe care compania le are. Situația de la Aton Transilvania este atât de gravă încât acționarul majoritar, compania germană Aton GmbH a decis să se retragă din compania de la Carani. Acțiunile au fost cesionate, în data de 11 martie 2011, unei alte companii germane, Theta GmbH. Prin această acțiune, nemții de la Aton GmbH înceacă, pe de o parte, să-și apere imaginea corporativă, dar, pe de altă parte, să nu mai plătească datoriile făcute de firma din România. Acest ultim aspect face deja obiectul unui proces prin care creditorii Aton Transilvania, printre care se numără și Direcția Generală a Finanțelor Publice, vor să anuleze cesiunea de acțiuni. Procesul a avut termen de judecată în data de 27 iunie 2011, iar sentința a rămas în promunțare.
